Когда мы начинали свой проект (учитывая, что оба админа до этого вели проекты без дайсов и игромеханики), мы столкнулись с ровно теми же вопросами, что озвучили Вы. А так как ролевой проект об сражениях, битвах и способностях, игру пришлось подстраивать под каноные вселенные. И разрешать все те нюансы, которые вы озвучили.

Надо. Под каждого персонажа заводится свой чар-лист, куда прописывается инвентарь, опыт и прочее. Все это делается ручками, не скриптами. Но за все время не напрягло как-то, потому что это делается не каждый день. И даже не раз в неделю. 

Для баланса проще оттолкнуться от уже ранее созданных систем или попытаться взять за основу баланса сеттинга. Но тут да, требуется умение соотносить и представлять ограничения мира. 

Не ставить фарм во главу угла. Помнить, что это ролевая, а не игрушка.
Назначить адекватные ачивки за квесты и игру (за посты, где считаются не килознаки, а развивающие сюжет, неважно личный или общесюжетный, даже если это пара строк по делу, чем 5к воды). Чем больше играешь -> тем больше денег. Не разделять игру на "фарм босса" и "чайные посиделки".
То есть оставить игрокам адекватно развиваться в тех условиях, в которых они предпочитают играть. Сюжет можно двинуть как и разговором персонажей, так и патей, идущей на дракона.
За последний квест, к примеру, в эпизоде игроки получили опыта а 17к, при учете, что средняя фича в магазине стоит 2к. А мелкие расходники - вообще копеечные сотки. Это только за один эпизод. Игроки не чувствуют, что им "не хватает". Особенно активно пишущие игроки. 
Отдельно для более легкого старта была введена система подарков-поощрений (у которой есть потолок, сверху не начисляем, только за игру), чтобы проще было "раскачаться" на старте.
Способности делятся как на боевые, так и не боевые. Соответственно все, что минусит как-то персонажа игрока - поставлено на дайсы. Все, что не минусит - на банальную логику ролевой игры.
Конкретно если надо писать мегагигалордов, то можно придумать, что персонажам, которые заявлены в списке "Важные ГЛАВГАДЫ, рулители, правители, получают возможность прописать 2-3 сильные способности со старта) и т.п. Можно придумать, если бы хотелось.

У кого плохо с фантазией, тот и на открытом мире ничего не придумает. Проверено.

Deff
так как скрипта нет, а разжирать "подпись" в данных условиях - ну такое себе, мы чар-лист  реализовали так. Создается личная тема, а дальше Мастер устанавливает там тему, которую ведет.

Игрок не может редактировать её, но видит все, что у него есть и находится. Он редактирует свое. Хотя можно вносить прямо в анкету, думаю, тут ничего не изменится принципиально. 
Есть "напряг" с заполнением. Но если делать все разом: то есть игроки отыграли квест, ты сразу его закрываешь, вносишь в хронологию игры и сразу заносишь ачивки, то без проблем. Эпизоды же не каждый день закрываются по 100 раз)))

Deff
было бы интересно посмотреть реализацию)

На Лиле люди не любят скриптики и механику)))

Пока минус текущих дайсов - юзер их может править...
скрипт Cупер-дайсов - устарел - требует гостевого доступа и не работает с HTTPS и по-моему он был лучший(хотя я может пристрастен) по идее функционала тем, что возможность случайного выбора из нескольких строчек произвольного  текста, точно поясняющего ситуацию, а не тупая выборка цифр